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1787年2月，哥伦比亚学院成立了一个由约翰·杰和亚历山大·汉密尔顿领导的章程修正委员会。同年四月，学校正式采用了赋予二十四位校董事权力的新章程，并且一直沿用至今。
1787年5月21日，萨缪尔·约翰逊之子威廉·萨缪尔·约翰逊被一致推选为哥伦比亚学院的校长。在供职于学院之前，约翰逊曾经参加过第一次大陆会议，并且被选为美利坚合众国制宪会议代表。十八世纪九十年代的一段时间里，因为纽约国家首都和纽约州府的双重身份，以及连续几届联邦党政府的执政，复兴的哥伦比亚学院在诸如汉密尔顿和杰等联邦党人的资助下茁壮成长。
1789年5月6日，乔治·华盛#顿总统与约翰·亚当斯副总统参加了哥伦比亚学院的毕业典礼，以表彰那些参与了美国革命的校友们。
1896年，学校董事们正式决定使用“哥伦比亚大学”作为这所学校的新名字。同时，校长塞斯·洛再一次搬迁了校园，这一次校园从49街转至现在的地址：一个更加宽阔的，位于快速发展的晨边高地的校区。
在洛的继任者尼古拉斯·穆瑞·巴特勒长达四十多年的工作下，哥伦比亚大学快速成为了美国重要的研究机构，为后来的大学设立了“综合性大学”的典范。因为第一座核反应堆的建成，以及因此带来的曼哈顿计划的启动，有关原子的研究在二十世纪四十年代时将哥伦比亚大学物理系放在了世界的聚光灯下。
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