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根据现代学者们的研究，数码兽的历史可以追溯到网络诞生之初，混沌未开的计算机网络之中潜伏各种无形的“幽灵”，它们不会被人类捕捉到，也无法对人类网络施加任何影响。
直到因为黑客们在计算机上的网络犯罪行为，具备人工智能的病毒扩散开来，这种病毒吸收世界上的数据改变外形和性格成为生物的模样，这样便成了数码兽。
与数码兽一同诞生的，还有被称为数码世界的计算机网络上的模拟信息空间，数码兽们正是生存在数码空间之中。在上个世纪七八十年代，就有着大量的数码兽目击记录，许多人声称在上网的时候进入过一个神秘的世界。
九十年代之后，网络飞速发展的同时，数码世界也如同脱缰的野马一般野蛮生长。
千禧年某天，全球网络瘫痪，各地出现数码裂隙，各种数码兽通过裂隙进入人类世界，它们有的对人抱有善意，有的则浑身上下散发着毁灭的气息。
史称“千禧年网络危机”。
“千禧年网络危机”对人类世界造成了不可想象的破坏，也让人类更加深入的了解数码兽，各国首次联合起来共同对抗数码世界带来的网络危机。
次年，数码兽终端机问世，收服数码兽的同时可以将数码兽数据化，载入终端机之中随身携带，也可以释放数码兽进行对战。使用数码兽终端机收服数码兽，并且对战的人，被称之为驯兽师。
08年，第二次网络危机出现，恐怖的究极体数码兽穿越网络降临现实，经过全球所有驯兽师的共同努力，终究将危机解除。