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当夜控制了薛礼府中的薛礼、薛远和众位宾客后，刘基立即派兵对秣陵营、城防军进行了包围、缴械和大清洗。
在群龙无首、猝不及防之下，刘基的这些动作进行得很顺利，期间并没有出现大的意外。
包围、缴械时发生的一些小规模反抗，也被刘基的大军很快地粉碎。
控制了秣陵城的军队后，刘基第二日继续派兵，对秣陵城的县衙和城衙，进行了封锁、抓捕和大清洗。
经过刘基势若雷霆、快刀斩乱麻的诸多动作，薛礼、薛远等秣陵城的老旧势力，被连根拔起，秣陵营、秣陵城防军、秣陵的二个衙门，均被刘基所控制。
二日后，刘基挑出原秣陵营的二千营兵，新设“秣陵营”，并让已被耀升为军司马的凌操，暂时代管。秣陵营被挑剩的人则被并入了秣陵城防军。
刘基命董袭随军而来的丹徒水营，就地组建新的秣陵水寨和秣陵水营，董袭担任营官。
秣陵水寨、水营的驻扎位置由董袭来挑选。
刘基对董袭特别交待，要求他尽快发展壮大秣陵水寨和水营。
三日后，刘基开始新建“秣陵大营”。
“秣陵大营”建在距离秣陵城东南方向一里外的地势稍高处，占地达五千余亩。
刘基所有的营伍，“曲阿营”、“雪耻营”、“奋勇营”、“秣陵营”均被安排驻扎于此。
为了保证秣陵城和刘基自己的安全，刘基在秣陵城内部署了“曲阿营”二个“军司马”的兵力。
“曲阿营”经过补足士兵后，总计拥有七个“军司马”的军力。
除了留在“东晋大营”的一个军司马，剩下的这六个“军司马”轮流进城驻防，一个月轮换一次。
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