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直到，墨菲斯为了救neo而被抓，neo终于理解墨菲斯的信念，执意营救墨菲斯，踏上觉醒之路。此时的墨菲斯被matrix的特工程序smith拷问，smith是一个底层程序，用于维系matrix的稳定，排除异常，因此他可以随时变换为matrix的任何个体。在smith与墨菲斯的对话中，埋下了剧情的第一个伏笔，原来matrix世界已经经历了很多个版本，第一版的时候机器人以天堂般美满的方式构建了这个虚拟世界，但是非常失败，大批人类死亡，最终升级成当前这个有缺陷的版本——充满苦难，人只有在苦难中，才寻求存在和创造。其实，smith就是上文提到的思想的规定性——先验格律，要想达到整个思维（matrix）的革命，必须战胜他。感觉到自己潜力的neo，决定与战无不胜的smith正面对刚……
剧情的基础，就从这本主角neo掏出的《拟像与仿真》（让?鲍德里亚jeanbaudrillard，1929年-2007年）开始，作者鲍德里亚是一位法国哲学家，提出了一个拟像理论，简单说来就是我们所处的现代世界都是在一个“拟真”的状态下运行，我们把现实世界的对象模拟出来一个想象，并把它当做真实，例如计算机代码、互联网的数字孪生……这本书1981年出版，同一年，美国哲学家希拉里?普特南hilaryputnam在他出版的《理性，真理与历史》中，提出了一个著名的假设——缸中之脑“如果一个人的大脑被切下，放在一个维持存活的营养缸内，通过计算机连接大脑末梢神经，然后给予一切幻觉刺激，大脑可以依然感知到物体、天空、糖果、自身……甚至感觉到自己正在阅读一段有趣而荒唐的文字”。
第一部寓意是：人都是生活在一堆模糊、流变、虚假的表象中，在这些表象之下有一个世界的本真，规定着表象的变化，要想认识到这个本真，必须脱离出当前的思想环境，切换到另一个重生的视角中，去拷问平日习以为常的认识，我们所谓的世界，不过是一个主观思维模式，重塑自己的思想是重塑世界的前提……
第二部的剧情开始有些深奥了，充满了伏笔和哲学对话。
寓意：人的思想一旦意识到了思想自身，也就是思想开始重塑自己，必然会遇到几个大问题：
1.作为人的底层规定性，牵引、束缚着思想的动向
2.重要的问题不是新思想的形式，而是它在这种规定中，真正向前推进的原因（目的、动力、归宿）是什么？是纯粹的理性吗？还是有别的？认识原因才是认识“人”的本质
3.旧有的思想一定与你作对，试图杀死新思想，才能回到之前的稳定
4.当你真正觉醒，获得新思想的力量，你将，改造现实！