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第三部伊始，neo由于手撕机器人累着了，在机器世界中晕倒，醒来后穿越到一个陌生的车站——mobileave（欢迎大道），这是连接机器世界和matrix世界的通道，也就是连接外部感知和思想的通道，人的“感知通道”。我简单解释一下：外部世界的要素，例如光波、震动等物质属性，被人的身体感知，转化为色彩、声音、气味的同时通过这个通道，连接思想后，才将这些东西再加工为判断、喜好、快乐、忧伤、道德、价值……因此这个通道与我们的基础感性连接最为紧密，所以由上古感性思维模型——梅肉煲鸡胗掌管。片中的小女孩沙蒂sati（献祭者），是一组“爱”的程序，是matrix世界的“意外”，她的父母（也是程序）以献祭自我的方式，向梅肉求情以保住女儿sati。先知指引neo去找梅肉的时候，在“具体的时间”正好遇到他们。我们再回到哲学，康德已经证明，我们没有客观通道来认识外部客体世界，我们所有的“感知通道”都具有主观规定性！“通道”的意义、目的、驱动力，从底层决定了我们怎么看待世界！主角neo和sati出现在这里，正是在改变matrix的“感知规定性”，从此思想世界多了一份目标——“爱”。
neo被队友救出通道后，找到先知寻求指引，这里有几段伏笔非常重要！
1.先知在这里透露了全系列的主题：everythinghasastarthasanend，人类诞生至今不断地认知革命，虽不断觉醒，但我们作为人的底层的规定性（对世界认识的局限性），导致我们自身及世界快速走向毁灭。世界的“本源”（source）造就了万物，neo作为救世主的力量也来自于其中，要想拯救这个世界，他必须回归本源方得领悟（死即新生）真正的方向。
2.neo得救之前，在“感知通道”内，闭上眼居然感知到了机器世界管道通向远方，离开车站之后和先知对话中，neo已经渐渐发现所谓的“真实世界”和“虚拟世界”是一个整体，共同组成人类命运。
3.smith的身份在这里被交代（之前我已经解释过smith了），它就是当人类出现新思想而导致旧有认知失衡的时候，全力攻击新思想而寻求稳定的思维规定性格律，新思想的力量越大，smith渗透的力量也会越大。他和neo是一对阴阳
4.我们在对话中得知梅肉杀死了先知，希望得到先知的双眼，但是失败了，因为必须由先知自愿献上。这很好理解，梅肉作为被边缘化的思维模型，希望通过先知之眼看到未来的方向，重新获得控制世界的权力。
5.smith找到了先知，并通过复制成功同化了先知，当然这一切都是先知故意的，所以smith意外获得了“先知之眼”，他摘下墨镜大笑，因为他以为看到了未来！neo开始理解了全部的意义——身体、精神、灵魂的新平衡，他思考了很久，决定，前往机器世界。
此时，机器大军全力进攻圣城ziorinity开着一艘飞船，前往从没有人到达过的机器之城。这里出现了一幕，smith居然从matrix中穿透出来，进入了“真实世界”的一个船员身体内，看到此处，对于很多观众而言很难理解。其实，这里表达的就是smith这种思维规定性在感染身体感知。在neo和他的打斗中，不慎烧瞎了双眼，这是非常棒的一幕！这里寓意是，当人真的觉醒，认识到世界的本源时，不再透过感知表象来认识世界，而是通过精神思想和灵魂。例如相对论和佛学，在表象世界中根本无法理解。
而在镜头的另一边，zion正誓死捍卫着人类的文明……在巨大灾难面前，人类灵魂的伟大使人类不朽。